Microbiote (et microbiome)

Microbiote humain

Le microbiote humain représente l’ensemble des microbes, notamment les bactéries mais aussi les champignons et autres micro-organismes comme les virus, qui vivent avec, dans ou sur l’être humain. Au niveau intestinal, le microbiote porte aussi le nom de microflore, flore intestinale ou microbiote intestinale (lire davantage ci-dessous). Le microbiote est aussi localisé dans le tractus respiratoire ou le vagin.

On estime que le microbiote se compose de 39 trillions (39 mille milliards) de bactéries, soit plus que le total de cellules humaines. Le corps humain compterait 10 fois plus de bactéries (surtout localisées dans le système gastro-intestinal) que de cellules humaines. Mais une étude publiée en 2016 par le Weizmann Institute of Science en Israël évalue à environ 30 trillions le nombre de cellules humaines, de ce fait le nombre de cellules humaines et des micro-organismes du microbiote serait finalement assez proches, avec un ratio 1:1 plutôt que 1:10.  Jusqu’à 2 kg de notre poids corporel total provient des bactéries qui vivent sur ou dans notre organisme.

Microbiome
Le terme microbiome (idem en anglais pour microbiome) fait référence en plus au génome de la microbiote, ce qui inclut tous les micro-organismes, leurs génomes et ce qui les entourent. Le génome amène un concept d’écosystème. En français, d’autres définitions du terme microbiome sont parfois avancées, comme on peut le voir sur la page Wikipedia du terme microbiome. Pour la Harvard Medical School, les gènes de tous les microbes intestinaux d’un individu sont collectivement appelés le microbiome intestinal¹.
Plusieurs facteurs peuvent influencer le microbiome comme les parents (le microbiote est acquis par l’enfant au moment de la naissance), l’alimentation et l’âge (en vieillissant on observe une diversification).

Bébés et microbiote : 
On estime, comme le relève la Mayo Clinic, qu’avant la naissance l’enfant à naître n’a pas de microbiote (flore intestinale). La “colonisation” bactérienne commence à la naissance, déjà à l’accouchement surtout si c’est par voie naturelle, à travers le microbiote du vagin. Un bébé (qui marche, toddler en anglais) a déjà la même diversité de microbiote qu’un adulte².

Microbiote intestinal

Le microbiote intestinal vit avec les cellules humaines de l’intestin. Il faut savoir que l’intestin, en plus des cellules jouant un rôle direct dans la digestion, se compose d’environ 500 millions de neurones. C’est pourquoi l’intestin porte parfois le nom de “2ème cerveau”. Plus de 30 neurotransmetteurs sont présents dans ces neurones de l’intestin.
Le microbiote compte plus de 300 espèces différentes de bactéries. On estime qu’un individu a environ 200 espèces différentes de bactéries dans le tractus gastro-intestinal, cela signifie qu’en général un individu n’a pas toutes les espèces de bactéries présentes dans l’ensemble de l’espèce humaine.
Ces bactéries au niveau gastro-intestinal jouent un rôle important dans le processus de digestion.
La diversité bactérienne dans le microbiote est crucial pour une bonne santé intestinale. En 2021, il est toujours difficile de savoir si une présence trop importante de “mauvaises” bactéries dans l’intestin, au lieu de “bonnes” bactéries, est la cause ou la conséquence de troubles digestifs ou d’autres maladies, le célèbre problème de l’oeuf ou la poule³.
Le microbiote intestinal compte aussi des virus et des champignons.
Fonctions :
Les microbes (bactéries, virus et champignons) contribuent à la digestion des aliments. De plus, ils combattent les agents pathogènes dangereux, fabriquent de la vitamine K et d’autres substances chimiques importantes, influencent le fonctionnement des médicaments et peuvent avoir une influence sur le système immunitaire, la santé cardiaque et et diminuer le risque de cancer. Il semble également que les microbes intestinaux puissent jouer un rôle dans le vieillissement sain et la longévité⁴.

Maladies et influence du microbiote
De plus en plus d’études montrent qu’un déséquilibre au niveau du microbiote provoquerait l’augmentation ou l’apparition de diverses maladies comme la polyarthrite rhumatoïde, l’obésité, l’anxiété, l’autisme, l’acné, le syndrome du côlon irritable, la maladie de Crohn, les allergies ou encore le diabète.
Le microbiote intestinal a la capacité d’influencer le cerveau, comme l’a notamment montré une étude de 2013 réalisée par l’Université de Californie. A l’inverse le cerveau peut aussi influencer l’intestin, de nombreuses personnes peuvent par exemple souffrir de troubles digestifs en cas d’anxiété ou d’angoisse.

Microbiote, alimentation et acné
L’influence de l’alimentation sur l’acné semble provenir de l’impact de certains aliments sur le microbiote (flore intestinale). On suppose qu’une alimentation riche en sucres favorise l’acné en perturbant le microbiote. Les liens exacts entre le microbiote et la peau ne sont pas encore connus, selon le professeur en microbiologie Justin Sonnenburg à l’Université Stanford en Californie qui s’exprimait à ce sujet dans un article du New York Times d’août 2018. En plus de manger peu de sucre, il est conseillé de consommer des aliments complets et de limiter les graisses saturées. La prise de probiotiques peut aider à lutter contre l’acné mais les études sont encore peu concluantes. Toutefois, une étude de 2016 a pu montrer que la prise de bactéries de l’espèce Lactobacillus rhamnosus SP1 était associée à une diminution de l’acné chez les adultes.

Microbiote intestinale unique
On estime que même les vrais jumeaux (patrimoine génétique identique) n’ont pas un microbiote intestinal identique, cela signifie notamment que la concentration de chaque espèce de bactérie peut varier d’un vrai jumeau à l’autre.

Exemples de bactéries du microbiote intestinal
Parmi des centaines d’espèces de bactéries présentes dans le microbiote intestinal, voici certaines célèbres :
– Lactobacillus
– Bifidobacterium
– Prevotella histicola (bactérie présente dans le haut de l’intestin)
– Helicobacter pylori (bactérie pouvant provoquer des ulcères d’estomac, mais son absence pourrait mener à de l’obésité)
– Clostridium difficile (une bactérie néfaste, une augmentation de la proportion de bactéries dans le microbiote peut mener à des infections et certaines maladies)
Aux Etats-Unis, le renommé institut National Institutes of Health’s Human Microbiome Project a recensé depuis 2007 de nombreuses bactéries localisés dans les microbiotes humains.

Âge des bactéries
Selon une étude publiée en juillet 2016 dans la revue scientifique Science, certaines bactéries de la microbiote intestinale remontent à au moins quinze millions d’années. Ces bactéries descendent directement de celles qui vivaient dans les intestins des ancêtres communs  de l’homme, les singes.  Cette étude a notamment été réalisée par l’Université de Californie à Berkeley aux Etats-Unis.

Diversité des bactéries 
Dans une étude publiée le 18 février 2021 par Nature Metabolism (DOI : 10.1038/s42255-021-00348-0), des scientifiques ont observé que les personnes âgées dont le mélange de microbes intestinaux avait le plus changé au fil du temps vivaient plus longtemps que les personnes dont le microbiome intestinal avait moins évolué. À un âge avancé (plus d’~80 ans), les individus en bonne santé présentent une évolution microbienne continue vers un état de composition unique, alors que cette évolution était absente chez les individus en moins bonne santé.
Facteurs positifs pour une plus grande diversité bactérienne 
Des méthodes pour augmenter la diversité bactérienne sont notamment : manger sainement (aliments riches en fruits et légumes, fibres), pratiquer régulièrement de l’exercice physique, avoir un animal domestique (ex. chien, les animaux ramènent des bactéries et augmentent la diversité), ne pas fumer ou éventuellement prendre des probiotiques.
Lire aussi : Les personnes âgées en excellente santé ont la même flore intestinale que celles de 30 ans

Dysbiose
La dysbiose (en anglais dysbiosis) se manifeste quand quelque chose change l’équilibre dans le microbiote avec un potentiel de causer des effets néfastes. Il peut s’en suivre une proportion trop importante de “mauvaises” bactéries.
Certains facteurs peuvent influencer négativement le microbiote et donc mener à une dysbiose comme : une certaine alimentation (aliments trop sucrés par exemple, lire aussi notre dossier sur les probiotiques), la prise de médicaments (ex. inhibiteurs de la pompe à proton comme l’oméprazole ou les antibiotiques), le tabac (risque d’inflammation intestinale) ou le stress.

Autres microbiotes

Le microbiote le plus connu est celui du système gastro-intestinal, mais les chercheurs découvrent actuellement d’autres microbiotes comme par exemple celui du tissu mammaire. En effet, une étude publiée en octobre 2017 a confirmé la présence de bactéries dans les seins et a surtout montré que les femmes souffrant de cancer du sein avaient dans leur tissu mammaire une concentration plus faible de la bactérie Methylbacterium que les femmes sans cancer. Le rôle ou l’effet joué par les bactéries situées dans le tissu mammaire et le cancer du sein n’est pas encore connu.
Cette étude réalisée notamment par la renommée institution américaine Cleveland Clinic a été publiée online le 5 octobre 2017 dans le journal scientifique Oncotarget (DOI : 10.18632/oncotarget.21490).
D’autres microbiotes se trouvent notamment au niveau du vagin, de la bouche ou du tractus respiratoire.

News
Lire aussi : Microbiome et santé (vous découvrirez des news sur le microbiome)

Sources & Références :
Oncotarget (DOI : 10.18632/oncotarget.21490), The New York Times, Mayo Clinic, Harvard Medical School. Lire aussi les références tout en bas de cette page.

Rédaction : 
Xavier Gruffat (pharmacien)

Crédits photos :
Adobe Stock

Dernière mise à jour : 
06.10.2021

1. Newsletter de la Harvard Medical School, édition d’octobre 2021
2. Livre en anglais : Mayo Clinic on Digestive Health, How to prevent and treat common stomach and gut problems, 4^th edition, Sahil Khanna, M.B.B.B.S, 2020, Mayo Clinic
3. Livre en anglais : Mayo Clinic on Digestive Health, How to prevent and treat common stomach and gut problems, 4^th edition, Sahil Khanna, M.B.B.B.S, 2020, Mayo Clinic
4. Newsletter de la Harvard Medical School, édition d’octobre 2021