Questions fréquentes (FAQs) sur le variant Omicron du coronavirus

Le variant Omicron a été détecté pour la première fois en novembre 2021 au Botswana et en Afrique du Sud (lire davantage ci-dessous).

Pour résumer, le 18 décembre 2021 l’OMS tout indique que le variant Omicron semble se diffuser plus rapidement et rendre les vaccins moins efficaces.

Le SARS-CoV-2 est le virus à l’origine de la Covid-19. SARS-CoV-2 est le nom du virus, mais il existe différents variants dits problématiques qui ont des noms différents. Dans ce cas on parle de variant Omicron (dit de lignée : B.1.1.529). Il a été identifié pour la première fois en Afrique du Sud le 9 novembre 2021¹. Selon un co-découvreur de ce variant, Wolfgang Preiser de l’université de Stellenbosch en Afrique du Sud, les précurseurs d’Omicron devraient exister depuis très longtemps (peut-être 2020 déjà)². Le variant a environ 97% de séquences génétiques identiques au variant d’origine (souche dite de Wuhan)³.

Variant préoccupant
L’OMS a attribué le nom de la lettre grecque Omicron le vendredi 26 novembre 2021. Il s’agit d’un “variant préoccupant” (en anglais : “variant of concern”). Le lundi 29 novembre 2021, l’OMS a estimé que ce variant présente “un risque très élevé” au niveau mondial.
Omicron est seulement le cinquième «variant préoccupant» dans la classification de l’OMS (les 4 autres sont : Alpha, Beta, Gamma et Delta), d’autres variants ayant reçu une lettre grecque n’ont pas reçu la classification de “variant préoccupant”.

Comme tous les virus, le SARS-CoV-2 mute : quand il se réplique dans l’organisme humain, des erreurs se produisent. La plupart de ces mutations sont sans conséquence mais certaines peuvent lui donner un avantage pour sa survie.

Nombre de mutations
Le variant Omicron a un nombre très élevé de mutations (plus de 50), notamment sur la protéine  de pointe (Spike protein en anglais). En effet, plus de 30  mutations ont été trouvées sur  la protéine de pointe. Cette dernière est la structure que le virus utilise pour pénétrer dans les cellules qu’il attaque. Autrement dit, le virus se fixe aux cellules humaines grâce aux protéines de pointe. Selon Boris Johnson, ces nombreuses mutations n’ont pas été observées sur d’autres variants identifiés dans le passé.

1. Classification of Omicron (B.1.1.529): SARS-CoV-2 Variant of Concern, 26 novembre 2021
2. Agence de presse suisse Keystone-ATS, avec notre partenaire Pharmapro.ch qui est client de l’agence. Le 4 décembre 2021
3. The Economist, version papier du 4 décembre 2021

Le variant Omicron est dominant dans plusieurs pays du monde (Etats-Unis, Royaume-Uni, Suisse, Portugal, etc.).

Royaume-Uni
En Angleterre, le variant est désormais dominant, c’est-à-dire qu’il représentait le lundi 20 décembre 2021 environ 60% des cas de la Covid-19 et même 80% à Londres. Le Royaume-Uni a déjà enregistré 12 morts du variant Omicron, selon le Vice-Premier ministre Dominic Raab.
Cas très élevés – record
Par exemple le Royaume-Uni a fait état le jeudi 16 décembre 2021 de 88’376 cas (contre 78’610 la veille) cas positifs enregistrés en 24 heures, du jamais vu depuis le début de la pandémie en 2020, selon des chiffres officiels. Le 22 décembre 2021, le Royaume-Uni a compté plus de 100’000 cas en 24h, preuve que la vague n’est pas encore descendante.

Etats-Unis
Aux Etats-Unis, on apprenait le 21 décembre 2021 que le variant Omicron représente désormais 73% des nouvelles infections à la Covid-19, comme le relève Le Figaro.

Pays-Bas
Les Pays-Bas seront ou sont placés dès dimanche 19 décembre 2021 en confinement, pour la période des fêtes de Noël, afin de tenter de stopper la cinquième vague de Covid-19 et la forte progression du variant Omicron, a annoncé samedi (18.12) le Premier ministre néerlandais Mark Rutte.

Suisse
Le 27 décembre 2021 on apprenait que le variant Omicron est dominant dans les nouvelles infections de Covid-19, représentant environ 56% des nouveaux cas. Dans le détail, le variant Omicron représente 55,7% des cas de coronavirus séquencés ou examinés dans les laboratoires suisses sur sept jours, avec un délai de deux semaines environ.

France
En France, le 12 décembre 2021 un médecin français interrogé par France Info estimait que plus de 99% des cas de Covid-19 provenant du variant Delta, et pas Omicron. Dès janvier 2022, le variant Omicron pourrait devenir dominant, selon France-Info (du 18.12.2021). Mais toujours sur France-Info, certains spécialistes estiment qu’Omicron pourrait devenir dominant déjà avant la fin 2021.

Sources : Keystone-ATS (agence de presse suisse, avec notre partenaire Pharmapro.ch, client de Keystone-ATS)

Il semble clairement oui pour la contagiosité, pour la dangerosité on ne sait pas encore complètement (lire ci-dessous), peut-être qu’il serait moins dangereux (létal) que le variant Delta mais il pourrait aussi l’être autant (lire paragraphie Royaume-Uni ci-dessous). L’OMS estimait le 8 décembre 2021 en se basant sur des premières études que le variant Omicron n’est pas plus dangereux que le variant Delta.

Contagiosité
Selon les chercheurs de l’université de Bâle en Suisse, le taux de transmission d’Omicron est presque trois fois plus élevé que celui du variant Delta, qui a prévalu jusqu’à présent.
Une étude a démontré que le risque d’être réinfecté est 5,4 fois plus élevé avec Omicron qu’avec Delta, selon une étude anglaise.

Dangerosité
Une étude anglaise provenant du renommé Imperial College à Londres publiée le 17 décembre 2021, citée par Le Figaro  explique : «Nous n’avons trouvé aucune preuve qu’Omicron ait une sévérité différente de Delta», pour les cas hospitalisés ou seulement symptomatiques. Toujours selon l’Imperial College, la protection qu’une infection à la Covid-19 confère face au variant Omicron ne serait que de 19%.
Mais des études publiées par la suite au Royaume-Uni ont montré que Omicron était moins dangereux que Delta.

UE et OMS
Le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies a déclaré le 27 novembre 2021 qu’il existait un risque “élevé à très élevé” que le nouveau variant se propage en Europe. L’OMS comme on l’a vu affirmait le lundi 29 novembre 2021 que ce variant présente “un risque très élevé” au niveau mondial.

Royaume-Uni
“Malheureusement, Omicron génère des hospitalisations et il a été confirmé qu’au moins un patient est décédé d’Omicron”, a déclaré le Premier ministre Boris Johnson lors de la visite d’un centre de vaccination à Londres le 13 décembre 2021. Omicron “se propage à un taux phénoménal, que l’on n’avait jamais vu auparavant”, les infections étant doublées tous les deux à trois jours, a indiqué le le ministre de la Santé Sajid Javid du Royaume-Uni.

Dangerosité possible
Certaines des mutations du variant Omicron étaient déjà reconnues dans d’autres variants et étaient connues pour les rendre plus dangereuses, notamment une mutation appelée E484K qui peut rendre le virus moins reconnaissable par certains anticorps.

Transmission augmentée (presque sûr)
– Ce variant Omicron est porteur d’une mutation appelée N501Y, qui a conféré aux variants Alpha et Gamma leur transmissibilité accrue. Cette mutation particulière a rendu le virus plus apte à se répliquer dans les voies respiratoires supérieures, c’est-à-dire dans le nez et la gorge, et l’a probablement rendu plus susceptible de se propager lorsque les gens respirent, éternuent et toussent.
– Le variant Omicron est comme Delta  porteur d’une mutation appelée D614G, qui semble aider le virus à mieux se fixer aux cellules qu’il infecte.

Les premières données suggèrent que le variant Omicron présente un risque de réinfection plus élevé que d’autres variants (ex. Delta), selon le site de la BBC. Mais rien n’est encore définitif, que cela soit après une infection naturelle par un autre variant ou après une vaccination (partielle ou complète).

Le nouveau variant Omicron de la Covid-19 présente un risque de réinfection trois fois plus élevé que le variant  Delta et la souche Beta, a déclaré le 2 décembre 2021 un groupe d’organismes de santé de l’Afrique du Sud⁴.

1. News24, LIVE | Covid-19 in SA: Gauteng sees another spike as SA’s cases rise by 11 535

Grâce à un test PCR, c’est très facile d’identifier le variant comme ici Omicron en tout cas en partie, car parfois il faut un séquençage génétique plus complet. Le virus à l’origine de la Covid-19 est codé entièrement par de l’ARN, le code génétique du virus (voir infographie ci-dessous). Par conséquent, on peut grâce à une méthode de PCR identifier en général facilement les différents variants.
Selon l’OMS, les tests PCR sont toujours efficaces face au nouveau variant du coronavirus Omicron et des études sont en cours pour mesurer l’efficacité des autres outils de diagnostic.
Par contre, il n’est pas possible d’identifier un variant avec les tests antigéniques, comme l’expliquait la TV CNN (USA) le 29 novembre 2021.

Le 27 décembre 2021, on estime que 2 doses de vaccins à ARN protègent très peu contre le variant Omicron, en tout cas par rapport à l’infection et au développement de symptômes.
Protection contre l’infection
En effet, une étude de l’Imperial College à Londres publiée le 17 décembre 2021 et citée par Le Figaro relève que contre Omicron l’efficacité de deux doses de Pfizer (vaccin à ARN) ou d’AstraZeneca (un vaccin à vecteur viral) était comprise entre seulement 0 et 20%, et entre 55 et 80% pour la troisième dose (rappel). Les données de cette étude, qui demeurent limitées, se fondent sur les tests PCR de 333’000 personnes positives à la Covid-19 au Royaume-Uni entre le 29 novembre et le 11 décembre 2021, dont 122’062 positives au variant Delta et 1846 au variant Omicron.
4ème dose ?
Une autre étude anglaise de l’UK Health Security Agency citée par Le Figaro estimait que l’efficacité de la dose de rappel du vaccin Pfizer déclinerait pour les formes symptomatiques. Avec un schéma vaccinal à 3 doses (2 doses + rappel, les 3 de Pfizer/BioNTech) la protection de la vaccination contre les formes symptomatiques avec le variant Omicron n’est plus que de 45% au bout de dix semaines, selon les données de l’étude. Mais pour les patients qui ont d’abord reçu deux doses de vaccin Pfizer/BioNTech avant d’obtenir un rappel avec une dose du laboratoire Moderna, l’efficacité du vaccin se maintiendrait entre 70 et 75% au bout de dix semaines.
Cela explique probablement pourquoi certains pays parlent déjà d’une 4ème dose comme Israël ou le Chili.

Protection contre la mort
Une 3ème dose du vaccin à ARN semble protéger contre la mort de façon significative (probablement 90% ou 70%, selon une étude sud-africaine du 14 décembre 2021). Pour certains scientifiques de nombreux indices montrent que le vaccin continue à protéger contre les formes graves de la maladie, provoquée par Omicron⁵.

Relativement grande étude sud-africaine
Le vaccin du laboratoire américain Pfizer est globalement moins efficace contre Omicron. Il protège cependant à 70% contre les cas sévères, selon une étude présentée mardi et réalisée en Afrique du Sud. L’étude élaborée par la première assurance maladie privée du pays, Discovery, avec les scientifiques du Conseil sud-africain de la recherche médicale (SAMRC), se base sur les résultats de 78’000 tests PCR obtenus entre le 15 novembre et le 7 décembre 2021. “La double dose du vaccin Pfizer montre une efficacité de 70% dans la réduction des hospitalisations”, a déclaré lors d’une conférence de presse en ligne le président de Discovery, Ryan Noach. Le vaccin était auparavant efficace à 93% contre les cas sévères. De manière générale “l’efficacité du vaccin est sensiblement réduite avec un nombre élevé de contaminations brèves chez les personnes vaccinées”, a-t-il poursuivi. L’étude montre une efficacité à 33% contre le risque de contamination, avec un nombre élevé de réinfections, contre 80% contre le précédent variant dominant Delta⁶.

Petite étude sud-africaine
Une petite étude sud-africaine publiée le 9 décembre 2021 en pre-print (non revue par les pairs) portant sur 7 touristes allemands en Afrique du Sud⁷ n’était pas favorable à la vaccination, y compris en cas de 3ème dose (rappel). En effet, 5 touristes allemands qui étaient vaccinés avec 3 doses (la 3ème en octobre ou novembre) des vaccins à ARN ou d’AstraZeneca ont été infectés et souffert de symptômes (lire aussi dans la question sur les symptômes ci-dessous). Aucun cas de ces touristes allemands n’étaient considérés comme grave. Leur moyenne âge était de 27,7 ans.

BioNTech/Pfizer affirment mener des tests sur l’efficacité de leur vaccin contre la Covid-19.

1. Agence de presse suisse Keystone-ATS, avec notre partenaire Pharmapro.ch qui est client de l’agence. Le 13 décembre 2021
2. Agence de presse suisse Keystone-ATS, avec notre partenaire Pharmapro.ch qui est client de l’agence. Le 14 décembre 2021
3. Source: Journal brésilien de référence Folha de S.Paulo, édition papier du 11 décembre 2021. Creapharma.ch n’a pas été capable de retrouver le numéro DOI

Non, la plupart des anticorps (pris en injection en milieu hospitalier) ne fonctionnent pas contre le variant Omicron. Des études, en général en pre-print (non revues par les pairs) ont montré que la plupart des anticorps sur le marché n’agissaient pas contre Omicron.

A Zurich (Suisse), on apprenait le 18 décembre 2021 par le prestigieux journal NZZ que le fameux “cocktail Trump” (Regn-Cov2, à base de casirivimab et imdevimab) n’aide pas contre Omicron.

Comme un refroidissement
Une étude anglaise citée par le site suisse Blick.ch a montré que les patients infectés par Omicron se plaignent souvent d’un nez qui coule et qui est bouché (comme un rhume), d’éternuements, de maux de tête, de fatigue et de maux de gorge. Ces symptômes sont typiques d’un refroidissement (rhume ou cold en anglais) classiques.
En revanche, la plupart des personnes infectées par Omicron ne perdent pas le sens de l’odorat ou du goût, comme c’est souvent le cas pour le variant Delta. De même, la fièvre, les frissons et les courbatures ne sont pas des symptômes habituels d’Omicron.

Touristes allemands
Une petite étude sud-africaine portant sur 7 touristes allemands en Afrique du Sud (presque tous étaient vaccinés, y compris 5 avec un rappel ou 3ème dose), tous infectés par le variant Omicron, a montré que tous présentaient une toux sèche, 71,4% (de ces 7) une rhinite allergique (rhume) et 57,1% un mal de gorge. Environ 43% ont mentionné une difficulté à respirer et 14,3% souffraient de fièvre. L’étude a été publiée le 9 décembre 2021 en pre-print¹.

Symptômes selon une médecin sud-africaine
Un article du grand journal allemand Bild.de paru le 27 novembre 2021 estimait en citant une médecin sud-africaine, la Dresse Angelique Coetzee, que les symptômes du variant Omicron étaient assez atypiques, en comparaison avec d’autres variants. Avec notamment de la fatigue (souvent extrême) et de l’hypertension mais selon elle pas de perte d’odorat (sur les patients qu’elle a suivi) typique des symptômes d’autres variants. D’autres symptômes étaient des courbatures, une toux sèche et un mal de gorge. Elle a traité une quarantaine de patients (surtout des hommes de moins de 40 ans), un peu moins de 20 était vaccinés.
Le 28 novembre 2021, le grand média sud-africain News24 estimait également en citant toujours la Dresse Coetzee que les symptômes du variant Omicron jusqu’à présent sont légers. Selon la doctoresse qui a parlé avec d’autres médecins qui observé exactement la même chose, pas d’admission hospitalière n’a été pour le moment nécessaire, les personnes pouvant rester à la maison pour se soigner.
Le 28 novembre 2021, on peut donc penser que le variant Omicron est très contagieux (explosion des cas dans certaines régions d’Afrique du Sud, tapez par exemple sur Google “Covid Afrique du Sud”) mais peu dangereux.
Mais attention, comme le relève le site News24 (l’un des plus grands médias d’Afrique du Sud) on manque encore de recul notamment pour connaître l’éventuelle dangerosité chez les personnes plus âgées. Car pour le moment le variant Omicron circule surtout chez les jeunes.
L’Agence européenne des médicaments (EMA) a déclaré le 8 décembre 2021 que les cas d’Omicron semblent jusqu’à présent être “essentiellement bénins”, mais elle a prévenu qu’elle continuait à étudier si la variante pouvait provoquer une maladie grave.

1. Source: Journal brésilien de référence Folha de S.Paulo, édition papier du 11 décembre 2021. Creapharma.ch n’a pas été capable de retrouver le numéro DOI