BERKELEY – Alors que le nombre de morts liés à la Covid-19 reste à un niveau très haut en France, plus de 250 en 24h du 10 au 11 février 2022 et qu’en Israël on apprend que la vaccination contre Omicron ne fonctionne tout simplement pas, en tout cas si on en croit les paroles d’un professeur israélien (lire davantage ci-dessous), le doute s’installe. Creapharma.ch revient sur une étude américaine surprenante et pouvant être interprété de façon multiple. En effet, une étude en pre-print (non revue par les pairs) publiée le 11 janvier 2022 a comparé des personnes vivant dans le sud de la Californie aux Etats-Unis infectées soit par le variant Omicron de la Covid-19 ou par le variant Delta (ainsi que d’autres variants). Cette étude réalisée notamment par des chercheurs de la prestigieuse Université de Californie à Berkeley a été publiée sur la plateforme de pre-print medRxiv (DOI : 10.1101/2022.01.11.22269045). Les données ont été récoltées du 30 novembre 2021 au 1er janvier 2022 et l’identification du variant n’a pas été faite par PCR mais par une autre méthode (ThermoFisher TaqPath ComboKit assay). Une conséquence claire de cette étude est une possible remise en question de la vaccination concernant le variant Omicron, par manque d’efficacité. A nouveau, on se rend compte cependant de l’efficacité de la vaccination contre le variant Delta. Tout comme en Europe et dans la plupart des pays du monde, le variant Omicron est en train de remplacer rapidement et complètement le variant Delta, Omicron représente plus de 99% des nouveaux cas en France ou en Suisse en cette mi-février 2022, selon Our World in Data rattaché à l’Université d’Oxford.
Tournant très important, virus moins dangereux
Les résultats de l’étude sont impressionnants. On peut constater clairement un tournant entre les cas, hospitalisations et décès provoqués par Delta en comparaison avec Omicron. Par exemple parmi les plus de 52’000 personnes infectées par Omicron, il y a eu seulement un seul décès (nous n’avons pas été capable de savoir si c’était une personne vaccinée ou non). Mais dans le groupe des environ 17’000 personnes infectées par Delta, il y a eu 12 décès. De plus, dans le groupe Delta 11 patients ont reçu une ventilation mécanique contre zéro dans le groupe Omicron. Cette étude confirme clairement qu’Omicron ne semble pas toucher les poumons mais reste davantage dans la sphère rhinopharyngienne. En ce qui concerne les hospitalisations, il y en a eu 235 (0,5%) dans le groupe Omicron et 222 (1,3 %) dans le groupe Delta. De plus, le risque d’être placé en soins intensifs était lui réduit d’environ 75%, et celui de mourir de plus de 90%. Tout indique qu’Omicron est tout simplement et fondamentalement moins dangereux que Delta. Mais attention, Omicron est aussi clairement moins dangereux pour les non vaccinés, ce qui est une bonne nouvelle pour ces personnes.
Différences « inquiétantes » concernant la vaccination (contre Omicron)
Cette étude montre des résultats qu’on peut qualifier d’inquiétants ou en tout cas de surprenants. Ce qu’on constate dans le tableau de l’étude (page 11 du PDF) est que si on compare une personne non vaccinée, elle représentait 49,7% des cas d’infections avec Delta, désormais avec Omicron elle ne représente plus que 26,6%. Or, en un mois en Californie du Sud, il n’y a pas eu beaucoup de personnes vaccinées en plus. Il semble donc que les non vaccinés soient moins sensibles à Omicron en comparaison avec Delta. En revanche, si on regarde les chiffres des personnes vaccinées, la situation est inversée ou en tout cas en partie. Par exemple les personnes ayant reçu 1 dose du vaccin de Johnson & Johnson (J&J) représentait autant avec Delta et Omicron 3,4% des cas, mais lorsqu’un rappel (donc 2 doses) de J&J avait été administré les personnes du groupe Delta représentaient 0,5% des cas et le double (1%) dans le groupe Omicron. Avec les deux vaccins à ARN (Pfizer ou Moderna) la situation était encore plus surprenante. Par exemple les personnes ayant reçu 3 doses d’un vaccin à ARN représentaient 4,6% des cas dans le groupe Delta mais 13,4% des cas dans le groupe Omicron. Autrement dit, la vaccination protège beaucoup moins contre Omicron que contre Delta, y compris après 3 doses. On peut voir les différents chiffres dans cet extrait de tableau (page 11, en bas).
Hospitalisation beaucoup plus courte avec Omicron
Sur le graphique ci-dessous, on voit que les cas d’Omicron (appelé dans cette étude SGTF) nécessitaient une hospitalisation beaucoup plus courte que les cas Delta. La courbe pour les patients hospitalisés par Delta est beaucoup plus longue, probablement car dans certains cas une ventilation mécanique est nécessaire comme on l’a vu ci-dessus. Les données ont montré que la durée médiane des hospitalisations était de 1,5 jour pour Omicron, contre près de 5 jours pour Delta.
Discussion
Il peut peut-être y a voir des biais statistiques entre les groupes Omicron et Delta. Mais il est évident que cette étude est très précieuse et nous montre qu’avec Omicron on est clairement entré dans une autre phase de la pandémie ou épidémie. Scientifiquement il pourrait presque être nécessaire de renommer SARS-CoV-2 en SARS-CoV-3 (et donc aussi Covid-19 en Covid-21) en ce qui concerne le variant Delta, à cause de différences cliniques extrêmement importantes entre les deux variants (y compris la souche originale de Wuhan).
Pourquoi une telle différence ? ADE ? En Israël la vaccination ne marche pas contre Omicron
Il est trop tôt pour savoir pourquoi les personnes vaccinées semblent être plus facilement infectées, d’un point de vue relatif et en comparaison avec Delta, le mécanisme d’anticorps facilitants (en anglais ADE) qu’on a traité dans un article pourrait expliquer cette différence. On sait qu’un individu produit des anticorps neutralisant (les bons) et des anticorps facilitant l’infection (les mauvais). Or, tous les vaccins actuels basés sur la protéine Spike du SARS-CoV-2, font produire ces différents types d’anticorps, comme l’explique un article du média français Infodujour.fr qui cite deux scientifiques du CNRS, Jean-Marc Sabatier et Jacques Fantini. Ce qui reste inquiétant en cette mi-février 2022 est le nombre de morts toujours élevé en France, plus de 250 en 24h selon Le Figaro du 12 février 2022. Est-ce que les décès sont désormais tous liés au variant Omicron ? Quel est le statut vaccinal de chaque personne morte ? Quel est l’âge moyen des décès ? Les personnes sont-elles mortes en majorité de la Covid-19 ou avec la Covid-19 ? Les questions restent pour la plupart sans réponses claires. Un élément de réponse peut venir d’Israël, début février 2022 le Prof. Jacob Giris, de l’hôpital Ichilov estimait dans un interview télévisé que les vaccins ne fonctionnaient pas contre Omicron. Il observe que 70% à 80% des cas graves à l’hôpital sont des personnes complétement vaccinées (au moins 3 doses), plus ou moins le nombre de personnes vaccinées en Israël, même en fait davantage (selon Our World In Data, le 10 février 2022 55% des Israéliens avaient reçu un rappel du vaccin). Le professeur relève toutefois un point important : “La définition d’un patient grave est problématique. Par exemple, un patient souffrant d’une maladie pulmonaire chronique a toujours eu un faible niveau d’oxygène, mais il a maintenant un résultat positif au test du coronavirus, ce qui fait techniquement de lui un “patient grave atteint du coronavirus”, mais ce n’est pas exact. Le patient n’est dans un état difficile que parce qu’il a une maladie sous-jacente grave. En Israël en cette mi-février 2022 presque 100% des nouveaux cas sont provoqués par le variant Omicron, toujours selon Our World in Data.
Etude sur des hamsters dorés
Une nouvelle étude chinoise très intéressante réalisées sur des hamsters dorés syriens publiée en pre–print le 13 janvier 2022 (no DOI : 10.1101/2022.01.12.476031), a montré que chez des hamsters non vaccinés le variant Delta, de façon peu intuitive, domine le variant Omicron (ce qu’on a observé dans l’étude californienne mentionnée ci-dessus). Par contre chez les hamsters vaccinés, c’est le variant Omicron qui domine. On voit donc par cette expérience qu’il y a une différence évidente entre les non vaccinés et les vaccinés – ou les animaux naturellement infectés par le passé – sur l’infection par des variants, comme si avoir des anticorps contre Delta “poussait” (ou favorisait) à s’infecter par Omicron plutôt que Delta. Dans la discussion de leur étude les chercheurs pensent que dans les sociétés (pays) très vaccinées contre la Covid-19 ou qui ont eu de nombreux cas de Covid-19 le variant Omicron devrait dominer sur Delta. A l’inverse, on peut en déduire, que les pays qui ont peu vaccinés et ont eu peu d’infections naturelles par SARS-COV-2 le variant Delta pourrait continuer à dominer. Les études sur les hamsters dorés syriens sont considérés comme des bonnes approximations (proxy en anglais) par rapport au système immunitaire de l’être humain.
Conclusion possible
Début janvier 2022, comme on ne savait pas si on allait être ou non infecté par Omicron, Delta ou un autre variant, la vaccination continuait à être recommandée en tout cas pour les personnes à risque. Le 12 février 2022, lors de la mise à jour de cet article, avec presque 100% du variant Omicron qui circule en France ou en Suisse (vous pouvez confirmer les statistiques sur Our World in Data) on peut se demander si la vaccination (sauf personnes à risque éventuellement) fait encore sens, y compris les doses de rappel. De plus, la question des rappels (3ème, 4ème avec vaccins à ARN) ou même la vaccination chez les enfants peut mériter au moins une réflexion si l’hypothèse de l’ADE (ou autres mécanismes) se confirme. L’exemple d’Israël semble montrer l’inutilité de la vaccination contre Omicron surtout lorsqu’il circule à 100% ou presque.
Article mis à jour le 12 février 2022 (V.3.0 de l’article). Par Xavier Gruffat (pharmacien suisse, dipl. Ecole Polytechnique Fédérale de Zurich en Suisse, dipl. MBA FIA/USP Sao Paulo, Brésil). Sources de l’étude : mentionnées dans l’article (avec lien, no DOI), The New York Times, journaux de Tamedia Suisse.
